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Pero los encuentros de la hermana del protagonista con el nazi le brindan a la casa algunas ventajas: seguridad, tranquilidad de que no será allanada, y para un profesor de alemán que podía despertar resentimiento en la resistencia francesa por realizar traducciones para las fuerzas ocupantes, la precaución de los integrantes de ésta para atacarlos. No fuera que el nazi amigo de la hermana se enojara con ellos y tomara represalias por quedar sin diversión.
Este conjunto de ventajas serán aprovechadas al límite por el protagonista. En una de sus vueltas para recoger los documentos que los nazis le pedían traducir, ve un muchacho judío a punto de ser deportado. La atracción física que siente por él lo motiva a llevarselo a su casa y ocultarlo en el sótano.
Durante dos años lo atenderá llevándole la poca comida que consiga, le enseñará sobre literatura, le conseguirá libros, mientras que su protegido le enseñará su idioma. Y además, mantendrán relaciones sexuales intensas y desbordantes de pasión, de locura. Nunca queda claro si en su escondite, el protegido lo hace por tener los mismos sentimientos que su... salvador, o por simple instinto de supervivencia. Claro que mientras la hermana tiene libertad para no reprimirse y hacer temblar las arañas del techo y llenar la casa con sus gritos durante los encuentros con su nazi, el protagonista debe esforzarse por reprimir las expresiones de su placer, so pena de ser descubiertos y que los nazis le quiten la fuente de su goce (su propia suerte le es indiferente, parece).
Estos hechos son narrados muchos años después por el protagonista, casi el único sobreviviente de todos los involucrados en la historia. Esos dos años en que se ocupa de cuidar al huesped oculto en el sótano y los hechos que en ese tiempo suceden, mostrarán a personas enfrentando momentos difíciles, algunas con cobardía, otras con increíble valentía, y otras con una ambigüedad que confunde. Nadie puede y nadie podrá nunca saber cómo actuaría en esas situaciones. Los personajes de Un amor clandestino tampoco saben si lo que hacen y deciden es lo que está bien o no, sólo intentan seguir viviendo, amanecer al día siguiente. Algunos lo logran y otros no.